Родилась 11 мая 1864 г. в Ирландии, город Корк, графство Корк, в семье известного английского математика Джорджа Буля (Boole). Своего отца Этель Лилиан не знала. Он умер, когда ей исполнилось всего полгода. Его имя, как весьма крупного ученого, внесено в Британскую энциклопедию. Ее мать - Мери Эверест дочь профессора греческого языка, которая много помогала Булю в работе и оставила после его смерти интересные воспоминания о своем муже. Кстати, фамилия Эверест - тоже довольно известная. Самая высокая вершина нашей планеты, находящаяся в Гималаях, между Непалом и Тибетом - Эверест или Маунт-Эверест, названа так в честь дяди Этель Лилиан, Джорджа Эвереста, который в середине 19-го века возглавлял английское топографическое управление, причем никогда не бывал ни в Непале, ни в Тибете и в глаза не видел свою знаменитую "тезку".

Сиротское детство Этель оказалось нелегким, на пять маленьких девочек уходили все скудные средства, оставшиеся матери после смерти Джоржа. Мэри Буль переехала с детьми в , где давала уроки математики, писала статьи в газеты и журналы. Когда Этель было восемь лет, она тяжело заболела, но мать не могла обеспечить девочке хороший уход и предпочла отправить ее к брату отца, который работал управляющим на шахте. Этот мрачный, фанатически религиозный человек свято соблюдал пуританские британские традиции в воспитании детей. 
В 1882 году получив небольшое наследство, она окончила консерваторию в Берлине, но болезнь руки помешала ей стать музыкантшей. Одновременно с обучением музыке она слушала лекции по славяноведению в Берлинском университете.

В молодости она сблизилась с политическими эмигрантами, находившими убежище в Лондоне. В их числе были русские и польские революционеры. Романтика революционной борьбы в те времена была самым модным увлечением интеллигенции. В знак траура по прискорбно-несправедливому устройству мира Этель Лилиан одевается только в черное. В конце 1886 г. она встретилась с жившим в Лондоне эмигрантом - писателем и революционером С.М.Степняком-Кравчинским, автором книги "Подпольная Россия". Знакомство с книгой побудило ее поехать в эту загадочную страну, чтобы своими глазами увидеть борьбу народовольцев с самодержавием.

Весной 1887 г. юная англичанка отправилась в Россию. В Петербурге она сразу же попала в окружение революционно настроенной молодежи. Будущая писательница стала свидетельницей террористических акций "Народной воли" и ее разгрома. Желая лучше познать русскую действительность, она согласилась занять место гувернантки в семье Э.И.Веневитиновой в имении Новоживотинном. Где, с мая по август 1887 г., преподавала детям владелицы усадьбы уроки музыки и английского языка. По ее собственным словам, Этель Лилиан и ее воспитанники терпеть не могли друг друга.
Летом 1889 г. Этель Лилиан возвратилась на родину, где приняла участие в созданном С.М.Кравчинским "Обществе друзей русской свободы", работала в редакции эмигрантского журнала "Свободная Россия" и в фонде вольной русской прессы.
После поездки в Россию Э.Л. Войнич начала работу над романом "Овод". Он был опубликован в Англии в 1897 г., а в начале следующего года уже вышел в переводе на русский язык. Именно в России роман обрел наибольшую популярность.

В 1890 году Этель Лилиан вышла замуж за Вилфреда Войнича (Wilfred Michail Voynich), польского революционера, совершившего побег из сибирской каторги. Этот брак длился всего несколько лет, но фамилию мужа она сохранила навсегда.
Где-то в конце 90-х годов XIX века Этель Лилиан познакомилась с обаятельным авантюристом, будущим секретным агентом британской разведки, "королем шпионов"Сиднеем Рейли - одной из самых загадочных личностей XX века, ярым противником коммунистических идей. Существует предположение, что именно его судьба (бегство из дома из-за конфликта с родственниками, злоключения в Южной Америке) послужила сюжетной канвой для создания образа и характера Артура Бертона.

В 1901 году написан роман "Джек Реймонд" (Jack Raymond).  Героический образ женщины занимает центральное место и в романе "Оливия Летэм" (Olive Latham, 1904), имеющем, до некоторой степени, автобиографический характер. 
Э.Л.Войнич занималась так же переводческой деятельностью. Ею были переведены для соотечественников произведения Н.В. Гоголя, М.Ю. Лермонтова, Ф.М. Достоевского, М.Е. Салтыкова-Щедрина, Г.И. Успенского, В.М. Гаршина и др.
В 1910 году появляется "Прерванная дружба" ("An Interrupted Friendship") - совершенно спонтанная вещь, до некоторой степени написанная под влиянием необъяснимой власти литературных образов над автором. На русский язык эта книга впервые переведена в 1926 году под названием "Овод в изгнании" (перевод под редакцией С.Я.Арефина, издательство "Пучина", Москва)

После "Прерванной дружбы" Войнич вновь обращается к переводам и продолжает знакомить английского читателя с литературой славянских народов. Кроме упомянутых выше сборников переводов с русского, ей принадлежит также перевод песни о Степане Разине, включенный в роман "Оливия Летэм", В 1911 г. она публикует сборник "Шесть стихотворений Тараса Шевченко" (Six Lyrics from Ruthenian of Taras Shevchenko), которому предпосылает обстоятельный очерк жизни и деятельности великого украинского поэта. Шевченко был почти неизвестен в Англии того времени; Войнич, стремившаяся, по её словам, сделать "его бессмертную лирику" доступной западноевропейским читателям, была одним из первых пропагандистов его творчества в Англии. После издания переводов Шевченко Войнич надолго отходит от литературной деятельности и посвящает себя музыке.

В 1931 г. в США, куда переехала Войнич, выходит собрание писем Шопена в её переводах с польского и французского. Лишь в середине 40-х годов Войнич вновь выступает как романистка.

Роман "Сними обувь твою" (Put off Thy Shoes, 1945) - звено того цикла романов, который, по выражению самой писательницы, был спутником всей ее жизни.

Этель Лилиан Войнич умерла 28 июля 1960 г. в возрасте 96 лет. И по завещанию была кремирована, а прах был развеян над центральным парком Нью-Йорка.